A Mesa Administrativa é responsável pela supervisão da administração da Santa Casa de Araçatuba. A composição da Mesa é definida por meio de eleição realizada entre os vinte e cinco Irmãos Definidores, os quais escolhem através de um processo de votação realizado a cada dois anos. Sua estrutura de funcionamento baseia-se no gerenciamento total das atividades exercidas na entidade. O trabalho é centrado na captação e equilíbrio das finanças e, ao mesmo tempo, representa um compromisso contínuo de aprimoramento constante da qualidade dos serviços oferecidos aos pacientes.